ക്ഷേത്രത്തിലെ ഏറ്റവും പ്രധാനമായ ഉത്സവമാണ് വൃശ്ചികത്തിലെ കാർത്തിക നക്ഷത്രത്തിൽ നടത്തിവരാറുള്ള തൃക്കാർത്തിക മഹോത്സാവം. ക്ഷേത്രത്തിലെ പതിനായിരത്തിൽപ്പരം കൽവിളക്കുകളിൽ ദീപങ്ങൾ തെളിയിച്ച് ദീപാലങ്കാരമായ ക്ഷേത്രഭംഗി വര്ണനാതീതമാണ്. ഈ സമയങ്ങളിൽ വിശേഷ പൂജകളും വഴിപാടുകളും പ്രത്യേകം ചൈതന്യമർഹിക്കുന്നു.
പ്രതിഷ്ഠാദിനം
ക്ഷേത്രം തന്ത്രിയുടെ മുഖ്യകാർമ്മികത്വത്തിൽ ഉദയാസ്തമനപൂജയും നവകം, പഞ്ചഗവ്യം, ശ്രീഭൂതബലി, നിറമാല,ചുറ്റുവിളക്ക്, എന്നിവ ഇടവമാസത്തിലെ അത്തം നക്ഷത്രത്തിൽ പ്രേടിഷ്ടാദിനത്തോട് അനുബന്ധിച്ച് നടത്തി വരുന്നതാണ്. അന്ന് ഭഗവതിയുടെ പിറന്നാളായി കണക്കാക്കുന്നു.
ഇല്ലംനിറ (വല്ലംനിറ)
ആചാരാനുഷ്ടാനങ്ങളുടെ ഭാഗമായി പുരാണകാലം മുതൽ അനുവർത്തിച്ചുവന്ന കതിർ സമർപ്പണം ഇന്നും മുടക്കംകൂടാതെ തുടർന്നുവരുന്നു. കർക്കിടകമാസത്തിലെ ആദ്യത്തെ ഞായറാഴ്ച്ചയിലാണ് നടന്നുവരുന്നത്. ഇതിന്റെ അവകാശം പാരമ്പര്യമായി മന്നാട്ടുത്തറ മക്കൾക്കാണ്.
പുത്തരി
അതാതുവർഷത്തെ ആദ്യമായി വിളഞ്ഞ പൂനെല്ലിൽ നിന്നും ഉണ്ടാകുന്ന അരി പുത്തിരി പായസമായി ഭഗവതിക്ക് നിവേദിക്കുന്നു. ഈ മഹാക്ഷേത്രത്തിന്റെ ത്രിപ്പുത്തരി അരി, ഓട്ടുരുളിയിൽ തേൻ എന്നിവ ഉപസരിച്ചതിനു ശേഷം ഭഗവതിമാർക്ക് നിവേദിച്ചു ഭക്തർക്ക് വിതരണം ചെയ്യുന്നു. ക്ഷേത്രത്തിന്റെ ഒരു പ്രധാന ചടങ്ങാണിത്.
അയ്യപ്പൻ വിളക്ക്
അയ്യപ്പസേവാസംഘം തിരുവാലത്തൂർ യൂണിറ്റിന്റെ ആഭിമുഖ്യത്തിൽ വൃശ്ചികമാസത്തിൽ അയ്യപ്പൻ വിളക്ക് മഹോത്സവം നടത്തിവരുന്നു.
ചണ്ഡികാ ഹോമം
ഹോമ ആചാര്യൻ ബ്രഹ്മശ്രീ ഡോ. കെ. എൻ. നരസിംഹ അഡിക ( കൊല്ലൂർ ശ്രീ മൂകാംബികാദേവി ക്ഷേത്രം ) - യുടെ മുഖ്യകാർമികത്വത്തിൽ വർഷംതോറും നടത്തി വരാറുള്ള അതിഗംഭീരമായ ഹോമം. സർവ്വ ഐശ്വര്യങ്ങൾക്കും തടസ്സങ്ങളെ മറികടന്ന് ജീവിത വിജയത്തിനും സന്തുലിതാവസ്ഥ നിലനിർത്താനും ചണ്ഡികാദേവിയുടെ അനുഗ്രഹം നേടി പുണ്യം കൈവരിക്കാൻ ഭക്തർക്ക് അവസരമുണ്ടാക്കുന്നു. വർഷംതോറും മെയ്, ജൂൺ മാസങ്ങളിൽ നടത്തിവരുന്നു.
പൊങ്കാല
വർഷംത്തോറും മീന മാസത്തിൽ ക്ഷേത്രപരിസരത്ത് പൊങ്കാല മഹോത്സാവം നടത്തിവരുന്നു. ഭഗവതിയുടെ അനുഗ്രഹാശീർവാദങ്ങൾക്ക് സ്ത്രീകൾ പൊങ്കാല ഇട്ട് ഉത്സവമായി നടത്തിവരുന്നു.
സർവ്വശോകനാശിനീദീപ സമർപ്പണം
മനുഷ്യജീവിതത്തിലെ സർവ്വ ശോകങ്ങളെയും അകറ്റാൻ ശക്തിയുള്ള ദേവി മഹിഷാസുരമർദ്ദിനിയുടെ സാന്നിധ്യമുള്ള ശോകനാശിനി പുഴയിൽ സർവ്വ ശോകങ്ങളെയും ദീപസമർപ്പണംകൊണ്ട് അകലുമെന്നാണ് വിശ്വസിക്കപ്പെടുന്നത്.
നവരാത്രി ഉത്സവം
നവരാത്രി ഉത്സവത്തോടനുബന്ധിച്ച് എല്ലാ ദിവസങ്ങളും വിശേഷ പൂജകളും പ്രത്രേക കലാ പരിപാടികലും ഉണ്ടായിരിക്കുന്നതാണ്. എഴുത്തിനിരുത്തുന്നതും പഞ്ചരത്ന കീർത്തനാലാപനവും വിശേഷമാണ്.