ആദിപരാശക്തിയായ ജഗദംബിക അത്യുഗ്രദേവതയായ മഹിഷാസുരമർദ്ദിനിയായും, ശാന്തസ്വരൂപിണിയായ അന്നപൂർണ്ണേശ്വരിയായും ഒരേ സമുച്ചയത്തിൽ രണ്ടുഭാവങ്ങളിൽ കുടികൊള്ളുന്ന ക്ഷേത്രമായതുകൊണ്ടാണ് ഈ ക്ഷേത്രത്തിന് 'ശ്രീ രണ്ടുമൂർത്തി ഭഗവതിക്ഷേത്രം' എന്ന പേരുവന്നത്. പ്രകൃതിരമണീയമായ അന്തരീക്ഷത്തിൽ നിൽക്കുന്ന ഈ ക്ഷേത്രം കേരളീയ വാസ്തുവിദ്യയുടെ മകുടോദാഹരണമാണ്. തുല്യവലുപ്പത്തിലുള്ള രണ്ട് ശ്രീകോവിലുകളും രണ്ട് കൊടിമരങ്ങളും രണ്ട് നാലമ്പലങ്ങളുമുള്ള ഒരു അപൂർവ്വസന്നിധിയാണ് ഇത്. ക്ഷേത്രത്തിൽ ഉപദേവതകളായി ശിവൻ, പാർവ്വതി, ഗണപതി, അയ്യപ്പൻ, ശ്രീകൃഷ്ണൻ, ശങ്കരനാരായണൻ, അന്തിമഹാകാളൻ, നാഗദൈവങ്ങൾ എന്നിവരും കുടികൊള്ളുന്നുണ്ട്. വൃശ്ചികമാസത്തിൽ രോഹിണി നാളിൽ ആറാട്ടായി നടക്കുന്ന പത്തുദിവസത്തെ ഉത്സവവും ഇടവമാസത്തിലെ അത്തം നക്ഷത്രത്തിൽ വരുന്ന പ്രതിഷ്ഠാദിന മഹോത്സവും ആണ് ക്ഷേത്രത്തിലെ പ്രധാന ആണ്ടുവിശേഷങ്ങൾ. കൂടാതെ നിറപുത്തിരി, അയ്യപ്പൻ വിളക്ക് ഇല്ലംനിറ - വല്ലംനിറ, ചണ്ഡികാഹോമം, നവരാത്രി എന്നിവയും വിശേഷമാണ്.
മലബാർ ദേവസ്വം ബോർഡിന്റെ കീഴിലാണ് ഈ മഹാക്ഷേത്രം.